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艾莉丝和暗影主宰敏锐地察觉到了这股暗流的威胁。他们一方面加强了对民众的宣传和教育，解释合作与试验的重要性和安全性；另一方面，命令情报部门全力调查神秘组织的背景和活动轨迹。
情报部门经过艰苦的调查，终于揭开了神秘组织的面纱。原来，这个组织的核心成员中有一部分是曾经参与神秘组织袭击事件的残余势力，他们在被击败后潜伏下来，等待时机卷土重来。他们与一些对联盟心怀怨恨的势力勾结在一起，企图破坏联盟的稳定。
“绝不能让他们的阴谋得逞。”暗影主宰下令对神秘组织展开全面打击。联盟的执法部队迅速行动，在各个星球上展开搜捕行动。经过一番激烈的较量，神秘组织的大部分成员被抓获，但仍有一些核心成员逃脱，躲进了宇宙深处。
在解决了内部危机后，联盟将注意力重新放回古老文明技术试验和与泽尔星团的合作上。在荒芜星系的技术试验取得了初步成功，能量转化技术的应用并没有引发严重的宇宙环境问题，但仍需要长期的监测和进一步的优化。
与泽尔星团的合作也进入了新的阶段。双方决定共同建立一个联合科研基地，开展跨种族的科学研究。这个科研基地将汇聚联盟和泽尔星团的顶尖科学家，共同探索宇宙的奥秘，研究如何更好地利用资源，以及应对可能出现的宇宙威胁。
然而，宇宙的变化总是让人始料未及。就在联合科研基地建设过程中，一种神秘的宇宙现象出现在泽尔星团附近。一片巨大的能量云团正在逐渐靠近泽尔星团，这片云团蕴含着强大的能量波动，对泽尔星团的星球和居民构成了巨大的威胁。
艾莉丝和暗影主宰得知此事后，立即率领联盟的科研团队和救援部队前往泽尔星团。经过初步探测，他们发现这片能量云团的能量属性非常特殊，与已知的任何能量形式都不同。而且，云团似乎具有某种自我意识，它在靠近泽尔星团的过程中，不断调整着自己的形态和运动轨迹，仿佛在寻找着什么。
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