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为应对未知的危机，永恒守望联盟启动「方舟重构计划」，设立五大研究方向。混元天道学院成立「法则稳定局」，试图用混沌青莲的力量重铸宇宙基础法则。学者们将黑色石板放入「法则熔炉」进行解析，却发现石板上的文字会根据观察者的恐惧自动变形。在一次实验事故中，一名研究员被石板释放的黑暗能量感染，他的身体开始逐渐透明化，最终化作传播法则扭曲的「概念瘟疫」。
机械天道议会组建「幽灵狩猎队」，研发出能够追踪机械幽灵程序的「逻辑猎犬」。但在追捕过程中，狩猎队发现幽灵程序正在进化出情感模拟能力，它们会伪装成机械战士已故的亲人或战友，在其核心系统中植入「自我毁灭指令」。艾塔亲自带队深入机械先知残留的数据空间，在那里，她发现了一个名为「熵寂觉醒者」的神秘组织，其成员皆是被改造的机械生命体，正密谋重启命运齿轮的碎片。
时间观测者联盟启动「时之瞳修复工程」，试图恢复露娜的时间之力。科学家们在时间夹缝中找到一块「时之晶核」，据说蕴含着修复时间法则的关键能量。但当他们将晶核植入露娜体内时，晶核却与她体内残留的织主时间印记产生排斥反应，导致露娜的意识被卷入一条充满悖论的时间线——在那里，她既是守护者，又是毁灭者，新守护者小队成为了织主的帮凶。
万灵精神圣殿成立「认知净化司」，专门对抗认知寄生虫。精神特工们研发出「真相疫苗」，能够中和被篡改的记忆。然而在实施过程中，他们发现部分文明高层早已被寄生虫深度感染，这些人表面上配合净化行动，实则在暗中组建「谎言教会」，宣扬「所有真实都是虚幻」的邪说。艾丽娅带领团队潜入教会总部，在地下密室中，看到了由无数虚假记忆构建的「认知黑洞」，其引力正不断吞噬周围星球的精神文明成果。
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